На академските студиски програми од 2 циклус на Фармацевтскиот факултет може да се запишат студенти по завршен прв циклус или прв и втор интегриран циклус доколку ги исполнуваат условите наведени во зборникот за соодветната студиска програма.

На здравствените специјалистички програми од 2 циклус на Фармацевтскиот факултет се запишуваат дипломирани фармацевти или магистри по фармација со положен државен испит и една година стаж по положување на државниот испит. Исклучок претставува здравствената специјализација од областа санитарна хемија на која може да се запишат и здравствени соработници со завршено соодветно високо образование (Технолошко-металуршки факултет-отсек прехранбена технологија, Природноматематички факултет-отсек аналитичка биохемија, биологија, биохемиско-физиолошки, Земјоделски факултет-отсек прехранбена технологија, Биотехнички факултет), положен стручен испит и три години работно искуство поврзани со областа за која кандидатот се пријавува за специјализација. Времетраењето на специјализацијата е 6 семестри (36 месеци – 12 месеци теоретска настава и 24 месеци практична настава). Стажот на специјализацијата се обавува во институции овластени од Министерството за здравство, според предвидената програма.